QM MM-MD Simulation을 통한 수용액 상에서의 Formamide Hydrolysis Mechanism연구

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Peptide bond hydrolysis는 세포 내외의 생화학반응에 있어서 핵심이다. 하지만 amide Hydrolysis Mechanism은 아직 명확하게 규명되지 않았다. pH가 중성인 물에서의 비 촉매 가수분해가 발생하는 몇몇 실험적 증거가 있지만, 해당 반응 메커니즘은 4가지(non-assisted concerted, non assisted step wise, assisted concerted, assisted step wise)로 여전히 논란이 있다. 이번 연구에서는, formamide의 가능한 Hydrolysis Mechanism을 자세히 연구해보고자 한다. 먼저, Ab-initio계산을 통해 4가지 반응 메커니즘을 다시 한번 확인하고, quantum chemical calculations과 quantum mechanical molecular dynamic이 결합된(QMMD)simulation을 통하여 water solvent에서의 반응 메커니즘의 에너지관계를 규명하였다. 결론적으로 아직 계산이 끝나지 않은 supported concerted mechanism을 제외한 모든 계산에서 non-supported, supported 두 system 모두에서 step-wise가 일어나기 쉬웠고, non-supported 보다 supported mechanism 이 선호됨을 보였다. Intermediate인 amino-gem-diol의 수용액 상에서 안정화 또한 나타났다. 이는 Ab-initio 계산만 통해서는 정확하게 산출할 수 없는 엔트로피의 영향을 잘 보여준다.
경진대회: 계산화학 계산화학 » 3회 경진대회
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17. 8. 11 오전 10:54
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Peptide bond hydrolysis는 세포 내외의 생화학반응에 있어서 핵심이다. 하지만 amide Hydrolysis Mechanism은 아직 명확하게 규명되지 않았다. pH가 중성인 물에서의 비 촉매 가수분해가 발생하는 몇몇 실험적 증거가 있지만, 해당 반응 메커니즘은 4가지(non-assisted concerted, non assisted step wise, assisted concerted, assisted step wise)로 여전히 논란이 있다. 이번 연구에서는, formamide의 가능한 Hydrolysis Mechanism을 자세히 연구해보고자 한다. 먼저, Ab-initio계산을 통해 4가지 반응 메커니즘을 다시 한번 확인하고, quantum chemical calculations과 quantum mechanical molecular dynamic이 결합된(QMMD)simulation을 통하여 water solvent에서의 반응 메커니즘의 에너지관계를 규명하였다. 결론적으로 아직 계산이 끝나지 않은 supported concerted mechanism을 제외한 모든 계산에서 non-supported, supported 두 system 모두에서 step-wise가 일어나기 쉬웠고, non-supported 보다 supported mechanism 이 선호됨을 보였다. Intermediate인 amino-gem-diol의 수용액 상에서 안정화 또한 나타났다. 이는 Ab-initio 계산만 통해서는 정확하게 산출할 수 없는 엔트로피의 영향을 잘 보여준다.
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