양자역학으로 π-π interaction 에너지 계산을 통한 Ligand Binding Energy 분석

양자역학으로 π-π interaction 에너지 계산을 통한 Ligand Binding Energy 분석

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생물정보학의 다양한 이론적 내용과 계산적 방법들이 갈수록 전문화 되어짐에 따라 신약 개발, 신 물질 합성, 단백질의 구조 예측 등 다양한 분야에서 필요성이 커져가고 있다. 이중 molecular docking 기술은 단백질과 특정 분자간의 결합 형태를 분자 모델링 기법을 통해 알아내는 방법이며 신약개발 연구에 큰 영향을 미치고 있다. Molecular docking 을 통하여 분자간의 결합 형태를 예측하는 과정에서 Protein-ligand complex 의 정확한 에너지 측정을 가능하게 하는 scoring function 이 필요하다. 그런데 본 연구에서 사용한 B-Raf kinase protein 은 active site 부분에서 ligand 와 receptor 간에 aromatic ring 로 인한 π–π interaction 이 정확한 에너지 계산을 어렵게 한다. 이러한 π–π interaction 부분의 에너지를 정확하게 계산하기 위해 양자역학 계산을 실시하였다. Active site 부분에서 ligand 와 receptor 에서 발생하는 각각 다른 5 개의 π–π interaction 구조를 준비하여 Gaussian 을 통해 양자역학 에너지를 계산하였다. 그리고 이러한 결과 값들이 ligand 의 활성 값과 어떤 상관관계를 갖는지 살펴보았다. 그 결과 π–π interaction 을 양자역학으로 계산한 값이 그렇지 않은 것보다 더 좋은 상관관계를 보여주었다. 이는 특별한 구조의 영향으로 ligand 와 receptor 간의 결합에너지를 정확하게 계산하기 어려운 문제에서 양자역학을 적용할 경우 더욱 좋은 결과값을 얻을 수 있었다. 또한 이러한 데이터가 신 물질 개발이나 신약 개발 등의 다양한 분야에서 계산화학 방법이 신뢰성을 얻는데 도움 될 수 있다고 생각된다.
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17. 8. 8 오전 10:07
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생물정보학의 다양한 이론적 내용과 계산적 방법들이 갈수록 전문화 되어짐에 따라 신약 개발, 신 물질 합성, 단백질의 구조 예측 등 다양한 분야에서 필요성이 커져가고 있다. 이중 molecular docking 기술은 단백질과 특정 분자간의 결합 형태를 분자 모델링 기법을 통해 알아내는 방법이며 신약개발 연구에 큰 영향을 미치고 있다. Molecular docking 을 통하여 분자간의 결합 형태를 예측하는 과정에서 Protein-ligand complex 의 정확한 에너지 측정을 가능하게 하는 scoring function 이 필요하다. 그런데 본 연구에서 사용한 B-Raf kinase protein 은 active site 부분에서 ligand 와 receptor 간에 aromatic ring 로 인한 π–π interaction 이 정확한 에너지 계산을 어렵게 한다. 이러한 π–π interaction 부분의 에너지를 정확하게 계산하기 위해 양자역학 계산을 실시하였다. Active site 부분에서 ligand 와 receptor 에서 발생하는 각각 다른 5 개의 π–π interaction 구조를 준비하여 Gaussian 을 통해 양자역학 에너지를 계산하였다. 그리고 이러한 결과 값들이 ligand 의 활성 값과 어떤 상관관계를 갖는지 살펴보았다. 그 결과 π–π interaction 을 양자역학으로 계산한 값이 그렇지 않은 것보다 더 좋은 상관관계를 보여주었다. 이는 특별한 구조의 영향으로 ligand 와 receptor 간의 결합에너지를 정확하게 계산하기 어려운 문제에서 양자역학을 적용할 경우 더욱 좋은 결과값을 얻을 수 있었다. 또한 이러한 데이터가 신 물질 개발이나 신약 개발 등의 다양한 분야에서 계산화학 방법이 신뢰성을 얻는데 도움 될 수 있다고 생각된다.
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